Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

История продолжает события предыдущей части. Горилла Гродд, заклятый противник Бэтмена, создаёт машину перемещения во времени и с её помощью закидывает Тёмного Рыцаря, включая некоторых его союзников и многих злейших врагов, во времена феодальной Японии. Там его враги принимают на себя роли феодальных вассалов с Джокером во главе угла. Привычные высокотехнологичные гаджеты Бэтмена становятся здесь бесполезны, поэтому ему придётся полагаться лишь на свой ум и союзников, включая Женщину-кошку и увеличившуюся бэт-семью Брюса, чтобы восстановить в этих землях порядок и вернуться в родной современный Готэм.